数码宝贝新世纪多余的魂石处理有两种方法：
1、你可以把多余的魂石留着，等数码宝贝变成究极体以后，用它继续升星，只不过需要一个同款究极体来进行合成。
2、你可以去分子兽经营的魂石研究所，用多余的魂石来置换其他你所需要的魂石材料。
